Печально известный злодей по прозвищу Шреддер, долгое время не дававший покоя мирным жителям Нью-Йорка, казалось бы, исчез бесследно благодаря усилиям отважных воинов в панцирях, известных как черепашки-ниндзя. Покончив со злом, Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло решили, наконец, взять заслуженный отпуск. Однако, герои никак не ожидали, что в скором времени их ждет невероятная встреча с двойниками из прошлого, непонятным образом очутившихся в их времени. В скором времени парни понимают: Шреддер снова взялся за старое и решил удвоить свои силы, вызвав из далеких 80-х точную копию себя. Между тем, негодяй не рассчитал силы и привел за собой еще одну команду черепах, а значит, теперь обоим Шреддерам точно не поздоровится!..
