Мультсериал рассказывает о начальном этапе затянувшейся войны, которая позволила ситхам, в предводительстве с темным лордом, набраться сил для того, чтобы нанести новый удар. С самого первого эпизода действия разворачиваются в эпицентре боевых сражений. Во главе малочисленной армии клонов, Йода старается сдержать удары со стороны дроидов. Сама же битва происходит за территорию планеты Тайдарии, на которой когда-то воцарялся мир. А тем временем, флот Республики стремительно теряет свое численное преимущество. Космические пираты, сами того не желая, присоединяются к сражению и выкрадывают графа Дуку. Клоны снова овладевают ситуацией благодаря Энакину и Асоке, но они забывают о тыле и не могут распознать коварного плана в самом эпицентре Галактики.
