Действия сюжета разворачиваются в 1944, когда война уже близится к концу и советские войска приближаются к Берлину. Начальство поручает капитану торпедного катера Борису Шубину патрулировать воды Балтийского моря. Линия фронта находится достаточно далеко, поэтому здесь не должно возникать никаких проблем. Внезапно команда катера натыкается на вражескую подводную лодку без никаких опознавательных знаков. В ходе слежки они узнают, что это тот самый немецкий «Летучий голландец», сверхсекретная подлодка, которая хранит самые страшные тайны нацистов. Шубину удаётся узнать, что «Голландец» замышляет нечто такое, что может очень сильно сократить советский военный флот. Теперь капитану нужно выяснить что именно готовят нацисты, и постараться обезвредить их прежде, чем они смогут хоть как-то навредить Советской Армии.
