Вторая часть фильма Бегущий в лабиринте повествует о дальнейшей судьбе подростков после того, как они смогли выбраться из лабиринта. После спасения Томас узнает, что есть и другие выжившие. Их теперь называют глэйдерами. Молодым людям предстоит еще одно испытание, приготовленное организацией Порок. Им говорят, что на Земле распростился вирус, который превратил людей в агрессивных существ. Однако Томас не доверяет сказанному и хочет сам выяснить что происходит на самом деле и с друзьями сбегает из базы. Ребятам предстоят нелегкие испытания. Ведь они должны пройти через пустыни и разрушенные города.
