Действие происходит в будущем, отдалённом от сегодняшнего дня примерно на 400 лет, когда мир опустошает таинственный вирус. Только изолированное от остального мира государство Бренна, управляемое Ассамблеей учёных, противостоит действию заразы. Эон Флакс, самый эффективный агент подполья Моники, возглавляемой Хэндлером, отправляется с миссией по устранению главы правительства Бренны — Келеборна. Выполняя свою миссию, Эон открывает для себя мир, полный тайн, узнав которые её жизнь больше не будет прежней.
