Сюжет мультфильма разворачивается на промежутке между первой и второй частью. Африканские аэропорты приняли летящего Санту Клауса за инопланетный объект. Испугавшись, Санта катапультируется прямо на Мадагаскар. Мелман, Глория, Мартин и Алекс обнаруживают его без сознания. Герои приводят Санту в чувство, но обнаруживают, что у того провал в памяти, и он совершенно не помнит, кем является и какова его всемирная задача. Чтобы не оставить весь мир огорченным, герои решают спасти праздник. Вместо оленей они берут пингвинов и отправляются колесить по Земному шару, доставляя людям их подарки.
