Шреддер и Клан Футов на сей раз сильно взялись обрабатывать Нью-Йорк. Теперь нечего надеяться на полицию. У Шреддера и с ними все схвачено. Конечно, положение критическое. Город требует героев, которые смогут предотвратить трагедию. Шреддер хочет чтобы ему принадлежало все. Тогда четыре черепашки решили дать о себе знать. И на сей раз им не обойтись без своего учителя Сплинтера, подружки Эйприл. В помощь герои возьмут себе друга журналистки Вернона. Он, конечно, невозможный трус, но все же пригодится. Вскоре начнется настоящая война между черепашками-ниндзя и Шреддером, который в Нью-Йорк принес только парику. Как же дальше будут развиваться все события? Шреддер придумал хитрый план. Однако ему не удастся главных героев сбить с толку.