В прошлый раз черепашкам-ниндзя удалось спасти Нью-Йорк от нападок Шреддера и его клана. Чтобы никто не узнал про их существование, друзья решили переложить победу на плечи Эйприл и ее друга Вернона. Просто другого выхода не оставалось – лучше быьб в тени. Тогда так решили черепашки-мутанты. Сейчас над городом снова нависла проблема. Эйприл стало известно, что Шреддер каким-то странным образом связан с профессором Бакстером Стокманом. По всей видимости, они сотрудничают. Кроме того, в их голове созрел план. Вскоре черепашки-ниндзя снова выступят в схватке со Шреддером. Но причем здесь Стокман? Какая его выгода во всем этом положении?
