Землю захватили машины. Единственный уцелевший город — Зион и он подвергается смертельной опасности. На его спасение есть не более 72 часов. Нео, наделен сверх способностями и может проникать в Матрицу без каких либо потерь в возможностях. Вместе с Морфеусом и Тринити, они вступают в борьбу с искусственным интеллектом. В этот период, парень получает очередное задание. В просторах виртуальных миров, он должен отыскать пророчицу — это позволить узнать исход противостояния, но встретив Архитектора, его понимание действительности меняется — пророчество это обман. Цель операции, отбор избранных и полная перезагрузка Матрицы.
