Жители города Зион, комулировали все силы. Их задача отстоять свое пристанище у атакующих машин. Время ограничено, а преимущество все на стороне искусственного разума и спасти ситуацию может лишь Нео. Его супер способности — последняя надежда человечества. Но парень, в следствии потрясений и разочарований, находятся в изоляции между мирами, а попытки пересечь границы сталкивают с новыми трудностями и приводят к пониманию того, что программы Матрицы не совершенны, они не связанны между собой. Отыскав Пафию, он узнает в чем слабые места агента Смита и теперь готов вступить в схватку и противостоять надвигающейся опасности.
